Genom användandet av modern teknik, så kallad metagenomanalys och metatranskriptomik, kommer forskarna kunna identifiera Östersjöns mikroorganismer på genetisk nivå med fokus på cyanobakterier. Syftet är att för första gången erhålla en helhetsbild av mikroorganismer i Östersjön; vilka de är, vad de gör och hur de gör det.
Bakgrund
Mikroorganismer är viktiga för allt liv i Östersjön. De cyanobakterier (blågröna alger) som bildar de varje år återkommande “blomningarna” i Östersjöns ytvatten är viktiga primärproducenter av merparten av det kol och kväve som bygger upp djur och växtbestånden i Östersjön. Men samma cyanobakterier producerar även ett neurotoxin (BMAA) som återfunnits i djurplankton och fisk. Toxinet kan överföras till människan via föan och kan troligtvis förorsaka allvarliga sjukdomar såsom ALS, Alzheimers och Parkinsons.
Målsättning
Genom användandet av modern teknik, så kallad metagenomanalys och metatranskriptomik, kommer forskarna att kunna identifiera Östersjöns mikroorganismer på genetisk nivå med fokus på cyanobakterier. Syftet är att för första gången erhålla en helhetsbild av mikroorganismer i Östersjön, vilka de är, vad de gör och hur de gör det.
Projektet kommer att både kvantitativt och kvalitativt undersöka mikroorganismernas sammansättningar och aktiviteter, och utifrån det belysa deras mångfald och interaktion i Östersjöns ekosystem. Projektet fokuserar på följande aspekter:
- Genetiskt identifiera och karaktärisera havs- och bottenlevande mikroorganismer, från cyanobakterier till virus, längs en gradient från norra Bottenviken till Oslofjorden.
- Följa energiflöden och flöden av de viktigaste näringsämnena (såsom kol, kväve, fosfor, mm) i mikroorganismerna för att förstå hur de i sin tur påverkar Östersjöns biologi.
- Implementera de data som projektgruppen får fram i miljömodeller för Östersjön, för att kunna använda dessa som bas för handlingsplaner och framtida strategier för Östersjöns förvaltning.
Beskrivning av arbetet på askö:
Vi ämnar filtera 50-75 L havsvatten som hämtas med liten båt stax utanför viken. Seriefilterutrustningen samt tryckluftsdrivna pumpar kommer att sättas upp på lab för att storleksseparera mikororganismer och virus. Dessa prover kommer att frysas i -80. Parallellt kommer även planktontrålningar genomföras för insamling av prover för BMAA analys. Provtagning önskas göras ca 1 gång/vecka, med viss flexibilitet om möjligt.
Projektledare: Birgitta Bergman, Stockholms universitet, Botaniska institutionen (birgitta.bergman@botan.su.se) & Craig Venter, J. Craig Venter Institute (USA).
Originaltitel: Analyses of microbial populations in the Baltic Sea through environmental metagenomic sequencing
Forskare
John Larsson, post doc, john.larsson@botan.su.se
Johan Eriksson, forskare, johan.eriksson@botan.su.se
Karolina Ininbergs, forskare, karolina.ininbergs@botan.su.se
Johannes Asplund, fältassistent, johannes_jtg@hotmail.com
Narin Celepli, fältassistent, narin.celepli@gmail.com
Jeff Hoffman, forskare, J. Craig Venter Institute, jhoffman@jcvi.org
