Östersjöcentrum inrättades 2013 och verksamheten har tre delar: forskning,vetenskapskommunikation och att tillhandahålla infrastruktur för marin verksamhet, såsom fältstation och fartyg.
Östersjöcentrum har också uppdraget att vara en samlande kraft för de marint verksamma vid hela Stockholms universitet och att vara en tydligare marin röst från universitetet till det omgivande samhället.
